化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。传统的三级化粪池，其作用为沉淀截留粪便，一般需经过30天厌氧发酵，减少粪便容积，降低污水浓度后汇入生活污水排放管网。
  但当化粪池底部因粪渣沉淀板结，导致留给粪水发酵的空间及时间不足，就直接影响无害化处理的效果。当粪渣板结达到一定高度后，粪便就相当于未经任何处理直接排出化粪池，此时，化粪池即已属名存实亡，沦为“过粪池”，不具任何化粪效果。此外，在化粪池密封程度较高的情况下，如果沼气满溢，可能造成沼气爆炸。
化粪池清掏过程中，因操作不规范而造成的人员伤亡事故时有发生。
  通州化粪池清理公司提醒：
1、若是化粪池出了问题，散出的气味就是一个警示。“如果化粪池散发异味浓烈，或者有液体从通风口溢出，都说明有问题，应及时清掏疏通，以免发生事故。”
2、化粪池一旦被疏通开，积聚在里面的硫化氢、甲烷和一氧化碳有毒气体会突然冲出井口，此时毒气浓度很大，必须佩戴长管面具、氧气呼吸器等隔离式防毒面具。
3、按规定穿戴好各种防护用品，按流程清掏化粪池，就可以避免这些危险因素对人的伤害，“但在现实中，仍有不少作业人员疏忽大意，如不正确佩戴防毒面具、不按正确流程操作等，进而引起安全事故。”据统计，夏季清掏化粪池发生事故比例比其他季节高出近两倍。